Program Pascasarjana (PPs) UIN Alauddin Makassar didirikan berdasarkan persetujuan Menteri Agama RI, sebagaimana tertuang dalam Surat Keputusan Dirjen Bimbiga Islam Nomor : 31/E/1990 tanggal 7 Juni 1990. Pada awal berdirinya, PPs UIN Alauddin Makassar adalah kelas jauh dari PPs UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, kemudian pada tanggal 31 Desember 1993, berdasarkan keputusan menteri Agama Republik Indonesia Nomor : 403 Tahun 1993 tentang Statuta UIN Alauddin Makassar dan Nomor : 389 Tahun 1994 tentang organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin, maka program Pascasarjana UIN Alauddin ditetapkan berdiri sendiri dan sebagai unit organik dan unsur pelaksana akademik yang melaksanakan sebagian tugas pokok dan Fungsi UIN.

Perkembangan PPs UIN Alauddin Makassar dari tahun ke tahun menunjukkan animo yang semakin meningkat. Sampai tahun akademik 2003/2004 Program Pascasarjana UIN Alauddin makassar telah menerima Mahasiswa sebanyak 957 orang. Dari jumlah tersebut telah menyelesaikan studinya sebanyak 528 orang

Setelah Program Pascasarjana (PPs) berjalan selama 14 tahun, serta semakin membaiknya fasilitas penyelenggaraan kegiatan akademik, menjadi faktor yang melatarbelakangi pembukaan program Doktor (S3) di PPs UIN Alauddin. Pembukaan Program Dokror (S3) tersebut berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI, Nomor 21 Tahun 2003, tanggal 14 Januari 2003 yang pembukaannya dilaksanakan 1 September 2003 oleh Menteri Agama RI.