Sebagai pusat kajian sumber Islam, Pascasarjana menawarkan kurikulum yang mencakup berbagai segi kajian Islam yang bersumber dari al-Qur’an dan Sunnah, yang intinya terdiri dari akidah, syariah, dan akhlak. Kesemuanya menjadi sumber normatif ajaran Islam yang bersentuhan langsung dengan realitas sosio-kultural masyarakat dalam perkembangan sejarahnya. Saat ini, Pascasarjana UIN Alauddin Makassar, mengelola 15 (Lima Belas) program studi, baik jenjang Magister maupun Doktor, yang terdiri atas: 

Doktor

1.    Dirasah Islamiyah (Akreditasi Unggul) dengan Konsentrasi :

• Tafsir
• Hadis
• Pemikiran Islam
• Syariah/Hukum Islam
• Dakwah dan Komunikasi
• Bahasa dan Sastra Arab
• Pendidikan Bahasa Arab
• Sejarah dan Peradaban Islam
• Pendidikan dan Keguruan
• Ekonomi Islam dan Industri Halal

Magister

1.     Dirasah Islamiyah (Baik Sekali) dengan Konsentrasi :

• Pemikiran Islam
• Syariah/Hukum Islam
• Dakwah dan Komunikasi
• Bahasa dan Sastra Arab
• Sejarah dan Peradaban Islam
• Perpustakaan dan Informasi Islam

2.        Pendidikan Agama Islam (Akreditasi UNGGUL)

3.        Kesehatan Masyarakat (Akreditasi UNGGUL)

4.        Pendidikan Bahasa Arab (Akreditasi UNGGUL)

5.        Manajemen Pendidikan Islam (Akreditasi UNGGUL)

6.        Ekonomi Syariah (Akreditasi UNGGUL)

7.        Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (Akreditasi UNGGUL)

8.        Ilmu Hadis (Akreditasi UNGGUL)

9.        Komunikasi dan Penyiaran Islam (Akreditasi UNGGUL)

10.    Keperawatan (Akreditasi BAIK)

11.    Akuntansi Syariah (Akreditasi BAIK)

12.    Manajemen Bisnis Syariah (Akreditasi BAIK)

13.    Hukum (Akreditasi BAIK)

14.    Pendidikan Bahasa Inggris (Akreditasi BAIK)

Pascasarjana (PPs) IAIN Alauddin Makassar (sekarang Pascasarjana UIN Alauddin Makassar) didirikan berdasarkan persetujuan Menteri Agama RI, sebagaimana tertuang dalam Surat Keputusan Dirjen Bimbaga Islam Nomor : 31/E/1990 tanggal 7 Juni 1990. Pada awal berdirinya, PPs. IAIN Alauddin Makassar adalah kelas jauh dari PPs. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, kemudian pada tanggal 31 Desember 1993, berdasarkan keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor : 403 Tahun 1993 tentang Statuta IAIN Alauddin Makassar dan Nomor : 389 Tahun 1994 tentang organisasi dan Tata Kerja IAIN Alauddin, maka program Pascasarjana IAIN Alauddin ditetapkan berdiri sendiri dan sebagai unit organik dan unsur pelaksana akademik yang melaksanakan sebagian tugas pokok dan Fungsi IAIN.

Perkembangan Pascasarjana UIN Alauddin Makassar dari tahun ke tahun menunjukkan animo yang semakin meningkat. Sampai tahun akademik 2013/2014, Pascasarjana UIN Alauddin Makassar telah menerima mahasiswa sebanyak 957 orang dan dari jumlah tersebut telah menyelesaikan studinya sebanyak 528 orang.

Setelah Pascasarjana UIN Alauddin Makassar berjalan selama 13 tahun, serta semakin membaiknya fasilitas penyelenggaraan kegiatan akademik, menjadi faktor yang melatarbelakangi pembukaan program Doktor (S3) di Pascasarjana UIN Alauddin. Pembukaan Program Doktor (S3) tersebut berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI, Nomor 21 Tahun 2003, tanggal 14 Januari 2003 yang pembukaannya dilaksanakan 1 September 2003 oleh Menteri Agama Republik Indonesia.

Berbagai fasilitas yang disediakan oleh Pascasarjana UIN Alauddin Makassar guna mendukung pengembangan lembaga pendidikan yang bermutu dan berkualitas, di antaranya:

1. Perpustakaan dengan ribuan koleksi buku,
2. Ruang perkuliahan yang dilengkapi dengan AC dan LCD,
3. Parkir kendaraan yang luas,
4. Akses internet yang memadai, dll.